Jedes Behandlungszentrum ist in der Patientenbetreuung, Therapiedurchführung und der Zusammenarbeit eigenständig organisiert. Ein Grundsatz aller Mitgliedszentren des Lungenemphysemegister e.V. ist die aktive Zusammenarbeit mit den Berufsverbänden Deutsche Gesellschaft für Pneumologie und Beatmungsmedizin e.V. (DGP), Deutsche Gesellschaft für Thoraxchirurgie e.V. (DGT), Deutsche Röntgengesellschaft e.V. (DRG), Verein pneumologischer Kliniken (VPK) und dem Berufsverband der Pneumologen (BDP).